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BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) は、バイオインフォマティクスでDNAの塩基配列あるいはタンパク質のアミノ酸配列のシーケンスアライメントを行うためのアルゴリズムをいい、またそのアルゴリズムを実装したプログラムをいう。 BLAST を使って、手元にあるシーケンスで、シーケンスデータベースもしくはライブラリに対して検索することにより、ある閾値以上のスコアで類似するシーケンス群を発見することができる。 BLAST は、バイオインフォマティクスで最も広く使われているプログラムの一つである。 == 概要 == BLAST は、バイオインフォマティクスにおいて、DNAの塩基配列あるいはタンパク質のアミノ酸配列のシーケンスで、ペアワイズのシーケンスアライメントを行う。 BLAST は、主にシーケンスの局所的アライメント（ローカルアライメント）を行うために使われる。 BLAST と同様にペアワイズアライメントを行うためのプログラムとしては、他に FASTA などがある。 また、マルチプルアライメントを行うためのプログラムとしては、Clustal (ClustalW、ClustalX) などがある。 BLAST は、バイオインフォマティクスで最も広く使われているプログラムの一つである。 BLAST が広く使われている理由は、BLAST が処理速度を非常に重視していることにあるとみられる。 BLAST のアルゴリズムは正確さより速度を重視している。 BLAST におけるこの速度重視によって、今日では膨大なデータが蓄積されているゲノムのシーケンスデータベースに対して検索を行うような場合において、BLAST アルゴリズムを実用的なものとしている。 BLAST が開発された後、BLAST より速いアルゴリズムがいくつか開発されている。 BLAST は、大まかなシーケンスマッチングを必要とする他のアルゴリズムの一部としてもよく使われている。 BLAST を使うことで、例えば、ハツカネズミの未知の遺伝子を発見したときに、ヒトがそのシーケンスと類似した遺伝子をもつかどうかを調べることができる。 ハツカネズミの未知のシーケンスで BLAST を使って、ヒトゲノムのシーケンスデータベースに対して検索を行うと、BLAST は類似性の高いシーケンス群を見つけ出す。 また、BLAST は次のような問いを考えるときに使うことができる。 * 手元のタンパク質のアミノ酸配列は、どのバクテリアと系統的に関係があるか? * 今シーケンシングして得られたDNAは、どの種に由来するか? * 自分が決定した構造（もしくは構造モチーフ）をもつタンパク質を記録した、他の遺伝子はあるか? BLASTアルゴリズムおよびそのアルゴリズムを実装したプログラムは、次の人々によって開発された。 * Stephen Altschul（NCBI; 米国生物工学情報センター） * Warren Gish (NCBI) * David Lipman (NCBI) * Webb Miller（ペンシルベニア州立大学） * Gene Myers（アリゾナ大学） BLASTアルゴリズムを実装したプログラムは複数存在する。 それぞれダウンロードして利用することができる。 オリジナルの実装は NCBI BLAST である。 * NCBI BLAST http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ * ライセンス: パブリックドメイン * 動作環境: UNIX/Linux、Windows * WU-BLAST http://blast.wustl.edu/ * ライセンス: 学術もしくは非営利の用途の場合は無料、商用利用の場合は有料 * 動作環境: UNIX/Linux、Mac OS X * FSA-BLAST http://www.fsa-blast.org/ * ライセンス: BSDライセンス * 動作環境: UNIX/Linux、Power Mac G5 BLASTは NCBI (GenBank) やDDBJのウェブ上でも利用することができる。 * NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ * DDBJ http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/blast-j.html BLASTのオリジナルの論文 "Altschul, SF, W Gish, W Miller, EW Myers, and DJ Lipman. Basic local alignment search tool. J Mol Biol 215(3):403-10, 1990." は、1990年代に非常に多くの論文で引用された。 抄文引用元・出典: フリー百科事典『 ウィキペディア（Wikipedia）』 ■ウィキペディアで「BLAST」の詳細全文を読む 英語版ウィキペディアに対照対訳語「 BLAST 」があります。 スポンサード リンク
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